Formado nas categorias de base do União Barbarense, Bruno César teve passagens pela base dos rivais Palmeiras e São Paulo. Entretanto, se profissionalizou no Ulbra, e passou pelo Noroeste, mas foi jogando pelo Santo André, em 2009, que o Bruno César ganhou destaque ainda no mesmo ano, quando a equipe chegou a final do Paulistão.

O Timão contratou o jogador em 2010. Já em sua estreia, em maio, o meio-campista marcou seu primeiro gol com a camisa do Corinthians. Apelidado de chuta-chuta, Bruno César não desperdiçava uma chance de finalizar. E, por conta disso, o atleta foi o artilheiro do time no Brasileirão daquele ano, com 15 gols em 34 jogos.

Em 2011, após perder a posição de titular, Bruno César ficou insatisfeito com o banco de reservas e acabou sendo negociado. O jogador foi vendido para o Benfica por 5 milhões de euros, com contrato até 2017. Mas não durou tanto tempo. Dois anos depois, o meia voltou a ser negociado, dessa vez para o Al-Ahli, da Arábia Saudita.

Em 2014, o atleta retornou ao Brasil para jogar no Palmeiras, emprestado pelo Corinthians. Após isso, voltou a atuar pelo Al-Ahli e se dirigiu novamente à Portugal, jogando por Estoril e Sporting. No início de 2019, chegou ao Vasco da Gama e defende o clube carioca desde então.