Elias foi formado nas categorias de base do Palmeiras, por onde jogou durante 8 anos. Atuando no início de carreira como atacante ele foi dispensado do clube paulista sem fazer nenhum jogo como profissional.

Após a saída tentou seguir a carreira no Náutico. No nordeste teve problemas com salários, não apresentou um bom futebol e com a troca de diretoria retornou para São Paulo, apenas dois meses depois.

No retorno para São Paulo, Elias não conseguiu emprego e teve que recomeçar sua carreira em clubes da várzea. Com destaque nas competições amadoras, chegou ao São Bento onde foi comandado pelo ex-jogador Freddy Rincón. O ex-corintiano teve fundamental na carreira de Elias, logo no primeiro treino transferiu o jogador do ataque para o meio campo.

A mudança de posição fez com que o futebol do jogador crescesse bastante. Se destacou no São Bento, depois no Juventus e em 2008 chegou a Ponte Preta. Após uma ótima campanha no Paulista, onde foi vice campeão, sendo o destaque do time chamou a atenção dos grandes clubes do país.

Contratado pelo grupo de empresários Traffic foi repassado para o Timão. No Parque São Jorge rapidamente conquistou a titularidade e foi fundamental na conquista do Campeonato Brasileiro da Série B. As ótimas atuações continuaram no ano de 2009, o poder de marcação e a ótima chegada ao ataque fizeram do volante um dos melhores jogadores nas conquistas do Paulista e da Copa do Brasil. Em 2010, apesar da decepção na Libertadores continuou com sua regularidade. Foi peça importante na campanha do Brasileirão, sendo eleito o melhor volante da competição.

No início de 2011, o Atlético de Madri comprou o jogador por 7 milhões de euros (50% ficou para o Timão). No clube espanhol passou a temporada alternando entre titulares e reservas, sem conseguir se firmar. Devido ao limite de jogadores estrangeiros foi negociado por 9 milhões de euros com o Sporting. Após uma boa temporada no time português, pediu para retornar ao Brasil. Foi emprestado ao Flamengo em 2013, sendo novamente eleito o melhor volante do Brasileirão.

Após uma conturbada negociação envolvendo Flamengo e Sporting, da Espanha, o Corinthians resolveu comprar em definitivo o meia. Com o atraso, Elias teve que esperar a reabertura da janela em julho para começar oficialmente sua segunda passagem pelo Timão. O período, contudo, acabou complicando sua relação com a torcida corinthiana.

O volante deixou o time em agosto de 2016, mesmo sendo um dos pilares da equipe e seguiu rumo ao futebol português. De volta ao futebol brasileiro na temporada seguinte, defende as cores do Atlético-MG.