Guerrero começou a se destacar logo cedo nas categorias de base do Alianza Lima, onde com menos de 16 anos já havia marcado mais de 200 gols. Seu enorme potencial chamou a atenção do gigante europeu Bayern de Munique, que o contratou quando este ainda era jogador do junior. Se profissionalizou no time alemão, na temporada 2004-2005. Permaneceu no clube por apenas duas temporadas marcando 13 gols em 44 jogos.

Em 2006, se transferiu para o Hamburgo, onde foi um dos principais atacantes por 6 temporadas. Realizou quase 200 jogos e fez mais de 50 gols, até que resolveu retornar ao futebol Sul-Americano.

Em julho de 2012, o Corinthians acerta a compra do atacante por apenas 7,5 milhões de reais. O peruano chega para assumir a vaga de Liedson e se tornar o camisa 9 do Timão. Com um início um pouco abaixo do esperado, Guerrero cresceu de produção na reta final do Brasileirão. Com vários gols conquistou sua vaga no time titular antes do embarque para o Mundial de Clubes, no Japão.

No Mundial de Clubes, o atacante foi simplesmente fantástico: marcou o único do gol da semifinal contra Al Ahly do Egito. Na grande final, contra o Chelsea, marcou de cabeça o gol da conquista do Bi-campeonato Mundial de Clubes da FIFA. Com esse gol, conquistou o status de ídolo e se tornou um dos estrangeiros mais importantes na história do clube.

As boas atuações e gols do atacante continuaram nas temporadas seguintes. No Brasileirão de 2014 teve uma grande participação, entrando para a seleção do campeonato como melhor atacante. Seu contrato com o Corinthians terminou em 2015, quando seguiu para o Flamengo.

Com boas atuações pelo clube carioca, seguiu sendo um dos principais centroavantes do país, ganhando até mesmo uma vaga para a Copa do Mundo de 2018 com a Seleção Peruana. Por pouco, no entanto, ele não disputou a competição, após ser pego no doping. Ficou mais de um ano punido, mas assinou com o Internacional na metade de 2018, com o término de seu contrato com o Flamengo.