Natural do Rio de Janeiro, o atacante Clayton foi revelado nas categorias de base do Figueirense em 2007. O atacante fez a sua estreia como profissional em 2012, mas voltou para a equipe Sub-20 no ano seguinte após atuar em apenas duas partidas. De volta ao elenco principal do time de Santa Catarina em 2014, o jogador se tornou grande destaque da equipe.

Pelo Figueirense, Clayton realizou 27 gols em 96 partidas e participou do bicampeonato do Campeonato Catarinense da equipe em 2014 e 2015. Neste último ano, o jogador chegou a levar o prêmio de melhor atacante da competição, além da estatueta de craque do torneio. Com a visibilidade, se tornou alvo do Atlético-MG e acertou sua ida para Belo Horizonte em fevereiro de 2016.

A negociação foi definida com o time mineiro desembolsando 3 milhões de euros (cerca de R$ 13 milhões, na ocasião) por 50% dos direitos econômicos de Clayton. Pelo Atlético-MG, o atleta realizou oito gols em 52 partidas, tendo realizado o primeiro deles já no dia de sua estreia no time.

Alvo do Corinthians antes de seu acerto com o clube de Minas Gerais, Clayton chegou ao time do Parque São Jorge envolvido em uma troca com o meia Marlone. O jogador de 21 anos integrou o elenco do Timão vindo por empréstimo do Atlético-MG válido até dezembro de 2017, mesmo período de permanência do ex-camisa 8 da equipe alvinegra em Minas Gerais.

Em agosto de 2017, com pouco espaço no time titular de Fábio Carille, Clayton deixou o time do Parque São Jorge regressando, assim, ao Atlético-MG. Antes de partir para Minas Gerais, o atacante se envolveu em discussão com o companheiro de equipe, Fellipe Bastos, enquanto ambos treinavam no CT Joaquim Grava. Ainda que sua saída tenha sido repentina, o jogador afirmou que deixou o Corinthians com a certeza de ter seu dever cumprido.