Fagner foi revelado pelas categorias de base do Parque São Jorge. Tido como grande revelação, fez parte da Seleção Brasileira campeã do Sul-Americano Sub-20 em 2007 e estreio pela equipe profissional com apenas 17 anos. No entanto não rendeu o esperado e após breve empréstimo para o Vitória foi negociado com o PSV da Holanda.

Após uma fraca temporada no clube holandês, foi comprado pelo Vasco da Gama em 2009. Passou sua primeira temporada no banco de reservas, mas em 2010 conseguiu ganhar seu espaço e seu futebol cresceu. Na temporada seguinte, em 2011, se tornou um dos destaques da equipe.

Foi campeão da Copa do Brasil e eleito o melhor lateral do Campeonato Brasileiro. Em 2012, após boa participação na Libertadores em que foi eliminado pelo Timão nas quartas de final o Vasco da Gama negociou o lateral direito com o Wolfsburg da Alemanha.

Após uma temporada de altos e baixos no futebol europeu pediu para retorna ao futebol nacional em julho de 2013. Volta para o Vasco, onde viveu seu melhor momento no futebol no entanto não consegue ajudar o time a se livrar do rebaixamento.

Fagner é então novamente emprestado pelo time alemão na temporada de 2014. Chega sem custos e com os direitos de compra fixados ao Timão em um contrato de uma temporada. Conquistou a vaga de titular no ano de 2014. Na temporada seguinte, participou da campanha do hexacampeonato nacional do Corinthians, o que lhe rendeu diversas convocações para a Seleção Brasileira.