Paulo André foi revelado nas categorias de base do Guarani em 2004, onde jogou pouco mais de uma temporada. Rapidamente o zagueiro foi contratado pelo Atlético-PR, onde ganhou o status de titular e capitão do time. Foi premiado pela revista Placar como um dos melhores zagueiros do Campeonato Brasileiro de 2005.

Com as ótimas atuações no Sul do país se transferiu para o futebol francês, defendendo o Le Mans. Teve boas atuações na Europa, mas foi muito atrapalhado pelas lesões. Após três temporadas, decidiu retornar ao futebol nacional.

Em julho de 2009, foi contratado por empréstimo pelo Timão. Considerado reserva, Paulo André, atuou bastante graças as lesões dos titulares William e Chicão. Com o fim de seu empréstimo, o zagueiro se desvinculou do time francês e assinou um contrato definitivo com o Corinthians. Manteve seu papel de um bom reserva até a temporada de 2011, quando assumiu a titularidade e teve papel importante do Pentacampeonato Brasileiro. Terminou a temporada premiado com melhor zagueiro do campeonato, recebendo uma bola de prata da Placar.

Paulo André permaneceu durante 5 temporadas no Corinthians, participou ainda das conquistas da Libertadores, Mudial e Recopa. Ao todo usou a camisa corintiano em 155 jogos e marcou nove gols.

O zagueiro também ficou bastante conhecido por suas atividades fora de campo. Diferente do estereótipo de jogador de futebol, P.A. escreveu um livro sobre a profissão e foi um dos líderes e fundadores do movimento Bom Senso F.C.

Em fevereiro de 2014, o jogador decidiu se transferir para o futebol chinês, onde atuou Shanghai Shenhua. Paulo André voltou ao Brasil em 2015, rumo ao Cruzeiro. Na temporada seguinte, o zagueiro foi emprestado para o Atlético-PR e segue por lá desde então, dividindo funções de jogador e dirigente.