Nelsinho Baptista levou o Corinthians ao primeiro título Brasileiro da história do clube, em 1990. Ele deixou o clube no meio do ano seguinte e retornou ao final de 1992, ficando até julho de 1993, quando deixou o time após perder para o Palmeiras na final da Taça Rio-São Paulo.
Em 1996, Nelsinho Baptista retornou o Corinthians e ficou até o ano seguinte, quando pediu demissão por se irritar com a venda do lateral-esquerdo André Luiz sem ser consultado - antes de deixar o clube novamente, o treinado foi campeão do Paulista. Sua última passagem pelo Corinthians aconteceu em 2007, quando o Corinthians foi rebaixado para a Série B do Brasileiro.